Павел

Нашлась причина такого поведение, а именно:

1. необходимо производить пересчет скидки и корзины метод
$order->getDiscount()->calculate();
2. class Discount метод loadShipment

if ($this->isOrderNew())
{
     foreach ($orderShipmentList as $shipment)
    {
           if ($shipment->isSystem())
                 continue;


                 if (!$loadDelivery)
                 {
                          $this->shipment = $shipment;
                          $loadDelivery = true;
                 }
                 else
                 {
                          $result->addError(new Main\Entity\EntityError(
                          Loc::getMessage('BX_SALE_DISCOUNT_ERR_TOO_MANY_SHIPMENT'),
                                  self::ERROR_ID
                          ));


                           return $result;
                 }
   }
}

Что говорит о том что новый (создаваемый) заказ только с одной отгрузкой пересчитается.

Что говорит ТП Битрикс - 23.07.2018

На основе информации из данного обращения была создана заявка в отдел разработок.
Сроки реализации устанавливаются в отделе разработок и зависят от текущего плана работ. Назвать какой-то срок решения сейчас нет возможности.
"При выполнение $shipment->delete(); и применении в корзине Купонов - В созданном заказе нет привязки к Купонам."
Номер заявки: 102288