CentALT

Вполне очевидно, что вы собираете на 3proxy только web трафик, а биллинг провайдера считает весь сетевой трафик.

Советую просто встать tcpdump-ом на внешнем интерфейсе и посмотреть какие еще есть потребители трафика с вашей стороны.