Петр

Многое зависит от контекста.

Например:
Для RSA будет справедливо следующее:
У Алисы есть пара ключей e (публичный) и d (секретный). Публичный она отдаст Бобу (естественно безопасным образом).

Ситуация 1.
Бобу нужно отправить сообщение конфиденциального содержания Алисе. Он просто берет сообщение, шифрует его на открытом ключе Алисы и полученную криптограмму отправляет Алисе.
Алиса получает криптограмму и с помощью своего секретного ключа, который известен только ей, расшифровывает сообщение.

Ситуация 2.
Алиса решила сказать на весь мир, что она - самая красивая. И чтобы никто не сомневался, что эти слова принадлежат именно ей, она сделала ЭП (электронную подпись) с помощью своего секретного ключа.
Боб решил удостовериться, что слова действительно принадлежат именно Алисе. Мы помним, что у него есть ее публичный ключ, с помощью которого он может верифицировать подпись Алисы.

Возможность применить вот так легко секретный и публичный ключи сразу в двух ситуациях предоставляется не всегда. Например, алгоритмы, основанные на эллиптических кривых могут пока что использоваться только в протоколах ЭП.

Хорошее антивирусное ПО на наличие криптограммы (блока случайных данных) в PE-файле будет ругаться в любом случае. Хотя бы как на "подозрительное" ПО.
Сокрытие вредоносной нагрузки в исполнительном файле - процесс творческий.
Сервиса под это дело, признаться, не знаю. И не думаю, что такой в действительности имеется. А если создастся, то антивирусные компании наверняка быстро подготовят сигнатуры на его методику сокрытия и она перестанет быть эффективной.