CapAsder

Предлагаю вариант решения, что помог мне:
ob_clean();
$server = new SoapServer('./wsdl/wsdl.wsdl');
$server->setClass('ApiService');
$server->handle();

Поясню. Перед инициализацией вашего SoapServer очищаем содержимое командой ob_clean();