Calc

проверьте логи
Может владелец папок изменился?

закройте сервер намертво фаерволом и запустите minecraft
Возможно идут атаки, вот и ребутается.
Поставьте какой нибудь munin (munin-monitoring.org/)
Посмотрите что и когда грузится.
Опять же вариант с нагрузкой. Может идет просадка по питанию на БП?

Классы не инклудте.
а с функциями что не так?

DirectInput?
Вопрос не об этом?

А если вам интересна структура кода, то советую почитать
gameprogrammingpatterns.com/command.html

Как уже посоветовали используйте Gson и забудьте
https://code.google.com/p/google-gson/

Gson gson = new Gson();

Response response = gson.fromJson(json, Response.class);

Response - ваш класс с полями, которые вам нужны и совпадают со строкой json

Парсер должен вернуть "нужную" контроллеру структуру данных, а вот контроллер может принять решение что делать.
Посмотрите в сторону паттерна "состояние" (State), если не нравится большой switch
ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A1%D0%BE%D1%81%D1%82%D0%...

что то вроде
www.php.net/manual/ru/class.domdocument.php?

Для разнообразия любой строго типизированный язык
После простоты PHP лучше подходит JAVA. Но у JAVA очень большая библиотека. Будет по больше чем у PHP

service sendmail stop?
service postfix stop?
php.ini disable_functions = ...?

www.php.net/manual/ru/configuration.changes.php
php_value в htaccess.
или в /etc/httpd/conf.d именно для вашего сайта

Гради Буч.
Объектно-ориентированный анализ и проектирование

размер картинки нужно уменьшить, тогда всё заработает
для mjpeg 1280 многовато, буферы переполняются. 640 в ширину делай и 368 в высоту