CKOPOBAPKuH

task_id_2 лишний, запрос который будет его использовать точно так же сможет использовать первую половину первичного индекса. так что task_id_2 дублирующий и его нужно убрать
индексы отдельно на checked и отдельно на taken не очень полезны.
индекс по (checked, taken, task_id) который вам посоветовал первый комментатор — действительно имеет смысл попробовать.

те наборы, которые вы указали, покрывают всего 2 индекса:
ALTER TABLE `table` ADD INDEX ( ` A,C,D`).
ALTER TABLE `table` ADD INDEX ( `B,C,A`).

но вам стоит настроить slowlog и оптимизировать те запросы, которые на самом деле нужно оптимизировать, а не то, чем вы сейчас занимаетесь.

select u.user_id,u.username,u.password,u.user_type
,up1.profile_value as sex
,up2.profile_value as hobbie
,up3.profile_value as ещёчегото
FROM users as u
LEFT JOIN user_profiles as up1 ON up1.user_id=u.user_id AND up1.profile_key=«sex»
LEFT JOIN user_profiles as up2 ON up2.user_id=u.user_id AND up2.profile_key=«sex»
LEFT JOIN user_profiles as up3 ON up3.user_id=u.user_id AND up3.profile_key=«sex»