Страницы во FLASH не являются HTML страницами в принципе.
При навигации внутри флеша адрес страницы не меняется — аналитика их и не показывает.
Даже поисковики эти страницы не видят, да и всё содержимое флешки не индексирует.
Вообще, не понимаю почему вам тот, кто разрабатывал сайт, не рассказал об этом.
Может быть можно выкрутиться через якорь страницы. Но о поддержке hashchange event у Google Analytics мне не известно. (А быстро нагуглить не выходит))
