В идеальном случае у Вас должен быть составной индекс на все поля, которые используются в условиях. SELECT * FROM table1 WHERE col1=1Тут будет использоваться индекс по полю col1
SELECT * FROM table1 WHERE col1=1 AND col2=1 Тут будет использоваться составной индекс по (col1, col2)
Конечно, если у Вас есть индекс по col1 и инекс по col2, то MySQL использует их, но составной будет быстрее.