Ну вообще я объективно не могу особо мыслить, т.к. пользователь линукс и у нас тут на C# только Mono да .NET через Wine. Не густо. В то же время многообразие Java дадут вам возможность писать и под андроид и под винду и под мак и под линукс. Я вот вообще думаю изучать примерно так.
Сейчас я знаю Web языки, изучаю С++. Потом возможно почитаю книжки по C. Дальше почитаю про Java и буду двигаться к разработке под андроид. Потом свяжу все эти знания. напришу например сервис на C++ в связке с Ajax и возможно какими нибудь частями на PHP если надо будет. И все это будет работать с Android к примеру. Либо несколько интерфейсов, веб андроид, десктоп и т.д. Параллельно C# в институте у меня будет. Правда я немного двигаю всю группу в сторону Mono.
Я бы на вашем месте выучил и то и другое. А лучше что то вроде C и C++ т.к. это все таки компилируемые языки, а не языки на виртуальной машине. Когда знаешь несколько языков, тогда можно в здравом уме разделять их области использования и сочетать лучшие стороны языков при решении задач.