Если это отдельный файл который парсит какой-то ресурс(сайт), то Вам его нужно просто запустить подключив в нужной функции через require_once. Но тут есть несколько доп. вопросов. Если парсер организован как класс, то потребуется создать его экземпляр, если как набор функций, то нужную потребуется запустить. Это надо смотреть уже в коде самого парсера.
И еще смотрите, что бы он при своей работе не превысил лимит времени иначе скрипт просто оборвется.
В какую функцию подключать? - Это зависит от варианта запуска парсера. При обновлении страницы или по ajax.
