Bowen

Проблему решил таким образом:

$tags = $db->safesql( htmlspecialchars( strip_tags( stripslashes( trim( $_POST['tags'] ) ) ), ENT_COMPAT, $config['charset'] ) );
$tags = array_filter(array_map('trim', explode(',', $tags)));
$tags_box = array();

$all_post_tags = $db->super_query("SELECT tags.*, post_tags.* FROM " . PREFIX . "_tags tags LEFT JOIN " . PREFIX . "_post_tags post_tags ON (tags.id=post_tags.tag) WHERE post_tags.post_id=$post_id", true);

foreach($all_post_tags as $tag){

	$tags_box["all_post_tags"][] = $tag["title"];
	$tags_box["all"][$tag["title"]] = $tag["tag"];

	if (!in_array($tag["title"], $tags)){
		$tags_box["remove"][] = $tag["id"];
	}

	$tag["posi"]--;
	$tags_box["upd_posi"] = ($tags[$tag["posi"]] == $tag["title"]) ? 0 : 1;
	$tag["posi"]++;
	$tags_box["upd_posi_indexes"][$tag["title"]] = $tag["posi"];
	$tags_box["upd_posi_id"][] = $tag["id"];

}
$tag_id = 0;
foreach($tags as $tag_posi => $tag_title){

	$tag_posi++;
	$tag_id++;

	if (!in_array($tag_title, $tags_box["all_post_tags"])){

		$tags_box["insert_new_tags_title"][] = "('$tag_title')";
		$tags_box["insert_new_tags_id"][] = $tag_title;
		$tags_box["post_tags"][] = "('$post_id', '{$tag_id}', '$tag_posi')";
		
	}
	$tags_box["positions"][$tag_title] = $tag_posi;
	if (isset($tags_box["upd_posi_indexes"][$tag_title])){	
		$tags_box["upd_posi_new"][] = $tags_box["upd_posi_indexes"][$tag_title];
	}
}
if (!empty($tags_box["remove"])){
	$db->query("DELETE FROM " . PREFIX . "_post_tags WHERE post_id='$post_id' AND tag REGEXP '[[:<:]]".implode('|', $tags_box["remove"])."[[:>:]]'");
} 
if (!empty($tags_box["insert_new_tags_title"])){

	$finded_tags = $db->super_query("SELECT * FROM " . PREFIX . "_tags WHERE title REGEXP '[[:<:]]" . implode('|', $tags_box["insert_new_tags_id"]) . "[[:>:]]'", true);

	foreach($finded_tags as $tag){

		if (in_array($tag["title"], $tags) && $tags_box["all"][$tag["title"]] != $tag["title"]){
			$tags_box["finded"][] = "('$post_id', '{$tag["id"]}', '{$tags_box["positions"][$tag["title"]]}')";
		}

	}
	if (!empty($tags_box["finded"])){
		$db->query("INSERT INTO " . PREFIX . "_post_tags (post_id, tag, posi) VALUES " . implode(",", $tags_box["finded"]) . "");
	}
	else {		
		$db->query("INSERT INTO " . PREFIX . "_tags (title) VALUES " . implode(",", $tags_box["insert_new_tags_title"]) . "");
		$db->query("INSERT INTO " . PREFIX . "_post_tags (post_id, tag, posi) VALUES " . implode(",", $tags_box["post_tags"]) . " ");
	}
}
if ($tags_box["upd_posi"]){
	$db->query("UPDATE " . PREFIX . "_post_tags SET posi = ELT(field(tag, ".implode(',', $tags_box["upd_posi_id"])."), ".implode(",", $tags_box["upd_posi_new"]).") WHERE tag REGEXP '[[:<:]]".implode('|', $tags_box["upd_posi_id"])."[[:>:]]' AND post_id=$post_id");
}

Буду признателен если кто-нибудь сообщит какую-нибудь альтернативу!

Посидел, подумал и пришел к выводу:
1. Запретить вставку данных в поле, не хочу. Я пытаюсь в первую очередь для других делать а потом для себя.
2. Проверять данные из поля с теми из базы тоже не вариант, так как без доп. ajax запросов не обойтись.
3. Делать запрос в php и уже там же и проверять полученные данные из формы с теми из базы. Если значения совпадают, записывать id в другую таблицу если нет, соответственно новую запись записать в основную таблицу. Это единственный способ который должен работать по моему мнению.

P.S. Я все еще верю что есть другие способы по легче. Надеюсь что кто-нибудь поделиться :)

Проблему решил поменяв версию плагина 4.0.0 на 3.3.2

P.S. Вот сам код(если кому интересно будет)

$(document).ready(function(){
	$('#Organisation').select2({
		multiple: false, // true - Дает возможность мультивыбора 
		ajax: {
			url: '/engine/ajax/xfields.php',
			type: 'GET',
			dataType: 'json',
			quietMillis: 100,
			results: function (data) {
				var results = [];
				$.each(data, function(index, item){
					results.push({
						id: item.id,
						label: item.title
					});
				});
				return {
					results: results
				};
			}
		}
	});
});

html

<input id="Organisation" style="width: 300px;" placeholder="Выберите Организацию">