для себя сделал так:
0) на продуктовой и предпродуктовой БД для Hibernate нет прав на изменение схемы. Но есть такие права для Flyway, который уже и управляет изменениями в схеме БД
1) на БД разработчиков у Hibernate права есть полные и hbm2ddl.auto=update. Flyway отключён