Victor Alenkov

я бы скорее сравнивал NetBeans vs JetBrains IDEA, чем Eclipse.
А начинать лучше, как сказали выше - с редактора с подсветкой, чтобы понимать основы. Потом попробовать делать одни и те же задачи в каждой из IDE и тем самым придти к "той самой" для вас.
мой путь был: console editor -> notepad++ -> Eclipse -> NetBeans -> Eclipse -> IDEA

IMHO, придётся чем-то жертвовать.
горячие клавиши в Linux глобальные и имеют приоритет над горячими клавишами уровня приложения.
Я для себя решил пожертвовать клавишами в Linux, поменяв их на другие.

ЗЫ: вместо Win+T с вызовом терминала поставил yakuake (под Mate это guake скорее всего), который выпадает по Win+F12

IDEA по умолчанию использует свою JDK, которая расположена в $IDEA_HOME/jre. В последних версиях это изначально уже Oracle Java 8.
А вот для проектов надо указывать необходимую JDK через настройки проекта (File > Project Structure > Project > Project SDK)

в pom.xml объявляешь packaging=war и в IDEA выполняешь Maven сборку с goal "package".