BondDen

Есть еще один аспект: архитектура. В Node.Js формат работы с NPM (пакадж-менежер npmjs.com) стимулирует к инкапсуляции конкретного функционала в конкретные модули. Это, конечно, не Java и не C#, но сама амосфера сообщества стимулирует к разработке грамотной модульной архитектуры, пожалуй лучше, чем умные книги по "классике" Java и C++.

Если правильно понял Вашу проблему, то рекомендую познакомиться с gulp.

gulpfile.js в Вашем случае может выглядеть, например, так:

var gulp   =require('gulp'),
    util   =require('gulp-util'),
    changed=require('gulp-changed'),
    rename =require('gulp-rename'),
    babel  =require('gulp-babel'),
    plumber=require('gulp-plumber'),
    path   =require('path')
;
var d      ={
	js  :{
		src  :'src/*.es7.js',
		dst  :'./'
	}
};

gulp.task('js',function(){
	return gulp.src(d.js.src)
		.pipe(plumber())
		.pipe(changed(d.js.dst))
		.pipe(babel({stage:0}))
		.pipe(rename(function(path){
			path.basename=path.basename.replace('.es7','');
		}))
		.pipe(gulp.dest(d.js.dst));
});

gulp.task('watch',function(){
	gulp.watch(d.js.src,['js']);
});

gulp.task('default',['watch','js']);

модуль plumber здесь используется, как раз, для обеспечения беспрерывной работы компилятора.
а метод gulp.watch отслеживает изменения файлов в реальном времени.