Дело может быть еще в нехватке оперативной памяти, тоже столкнулся с проблемой падений таблиц типа:
[ERROR] mysqld: Table './br_db/br_usermeta' is marked as crashed and should be repaired
При попытках восстановления mysqlcheck - Innodb тип не подходит,
The storage engine for the table doesn't support repair
и в mysql через REPAIR TABLE выдавало Ок, но не помогало.
Пробовал так же пересоздавать таблицы
CREATE TABLE br_options2 LIKE br_options;
INSERT INTO br_options2 SELECT * FROM br_options;
DROP TABLE br_options;
RENAME TABLE br_options2 TO br_options;
Но ошибки появлялись те же, причина в итоге нашлась - нехватка памяти...