Не знаю всей задачи, но может подойдет вариант разруливания через окружение.
В app.php получаем нужную базу данных и подключаем соответствующее окружение, в конфиге которого подключаются доступы к БД
// $env = ...;
$kernel = new AppKernel($env, false);
$kernel->loadClassCache();
Upd:
На основании вашего комментария выше
Один и тот же скрипт использует несколько клиентов, какая именно база данных используется - определяется через субдомен. Список субдоменов и их баз данных хранится в служебной базе данных.
думаю подойдет такой вариант:
В app.php делайте запрос к основной БД через обычный \PDO. Вытащив от туда параметры подключения, добавляйте их в окружение через
putenv, а в конфиге
используйте эти переменные