BoJIaHq

как мне видится есть два варианта решения проблемы, возможно и ошибаюсь...
если есть возможность можно сделать к примеру так
server {
listen 80;
server_name domain.com;
location /mywebsite {
.......
}
location /mysecondwebsite {
.......
}
}

или создайте два конфиг файла
mywebsite.conf и mysecondwebsite.conf
в них прописать
server {
listen 80;
server_name mywebsite.com;
}

server {
listen 80;
server_name mysecondwebsite.com;
}