Делается это очень просто:

CREATE TABLE STUDENTS
( ID INTEGER PRIMARY KEY AUTOINCREMENT NOT NULL, 
NAME TEXT NOT NULL,
 COURSE INTEGER NOT NULL, 
FAKULTY INTEGER NOT NULL, 
CONSTRAINT FK_FacultyStudent FOREIGN KEY (FAKULTY)
    REFERENCES FACULTIES (ID)

Теперь разберемся с этим куском кода:

CONSTRAINT FK_FacultyStudent FOREIGN KEY (FAKULTY)
    REFERENCES FACULTIES (ID)

CONTRAINT FK_FacultyStudent - создаем ограничение на конкретное поле
FOREIGN KEY (FAKULTY) - название самого ограничения, в данном случаи вторичный ключ, в скобках указывается поле, которое в текущей таблицы будет использоваться для соединения со второй таблицей . Такое поле лучше всего называть вот так FakultyID, для лучшего понимания и уточнение,что это вторичный ключ
REFERENCES FACULTIES (ID) - говорим, что поле FAKULTY будет связывается с полем ID в таблице FACULTIES