BkmzSpb

Не знаю, насколько это актуально, но вот рабочий вариант (не претендую на оптимальность):

library(tidyverse)
library(vctrs)
con <- textConnection(
"gene0   1   2   3
gene1   0   0   5
gene2   6   8   0
gene3   5   5   5
NA      0   0   5
NA      1   2   3
NA      0   0   5
NA      6   8   0
NA      5   5   5
NA      0   0   5
NA      1   2   3")


read.table(con) %>% 
    as_tibble %>%
    set_names(vec_c("id", "A", "B", "C")) -> src_table

close(con)

src_table %>%
    filter(!is.na(id)) -> template

src_table %>%
    select(-id) %>%
    left_join(template, by = vec_c("A", "B", "C")) %>%
    select(id, everything()) -> result

print(src_table)
#> # A tibble: 11 x 4
#>    id        A     B     C
#>    <fct> <int> <int> <int>
#>  1 gene0     1     2     3
#>  2 gene1     0     0     5
#>  3 gene2     6     8     0
#>  4 gene3     5     5     5
#>  5 <NA>      0     0     5
#>  6 <NA>      1     2     3
#>  7 <NA>      0     0     5
#>  8 <NA>      6     8     0
#>  9 <NA>      5     5     5
#> 10 <NA>      0     0     5
#> 11 <NA>      1     2     3
print(result)
#> # A tibble: 11 x 4
#>    id        A     B     C
#>    <fct> <int> <int> <int>
#>  1 gene0     1     2     3
#>  2 gene1     0     0     5
#>  3 gene2     6     8     0
#>  4 gene3     5     5     5
#>  5 gene1     0     0     5
#>  6 gene0     1     2     3
#>  7 gene1     0     0     5
#>  8 gene2     6     8     0
#>  9 gene3     5     5     5
#> 10 gene1     0     0     5
#> 11 gene0     1     2     3

^{Created on 2020-01-17 by the [reprex package](https://reprex.tidyverse.org) (v0.3.0)}