Ответ найден! И как это бывает он банален. docker-compose не видел переменные из .env файла. нужно было сменить каталог перед выполнением docker-compose
* * * * * cd ~/directory/to/your/docker-compose && /usr/local/bin/docker-compose -f ~/directory/to/docker-compose.yml run --rm -T -w /var/www php /var/www/bin/yii bigquery/events