Зашифрованный код выполнять не получится. Можно выполнять обфусцированный код. Либо теоретически можно иметь железо (процессор) с ключом шифрования внутри, чтобы инструкции расшифровывались хардварно.
С зашифрованными данными иногда можно выполнять некоторые операции, но очень ограниченные, и способ шифрования должен быть заточен под конкретную операцию. Это очень сложно.
Тут опять же можно подумать о внутри-хардварной расшифровке.
