Вообще, он же говорит что ожидает число.
попробуйте запись так:
ser.write("AT".encode('cp1251'))
Еще попробуйте сначала закрыть порт, а потом открыть. т.е. в начале скрипта ser.close() затем ser.open()
Попробуйте в настройках порта выставить таймаут. timeout=5 (к примеру)
