Хотелось бы организовать raid 6, лучше это сделать средствами проксмокса или контроллером?
Всегда лучше выбирать аппаратные реализации raid, из-за их скорости и функциональности.
На контроллере есть кэш с батареей, будет ли он работать, при программной организации рейда?
Нет, кеш не будет работать при программной реализации raid, будь тот md или zfs.
В будущем будет в планах расширять вместимость, а значит 6 raid более оптимален для меня, что посоветуете в данном моменте из всего выше перечисленного?
Во всех случаях увеличивать размер рейда - приключение с неясным концом, так как я знаю мало случаев когда необходимо расширить одно блочное устройство, так что проще будет собрать отдельное блочное устройство из новых дисков.