можно например хранить массив значений и добавлять/удалять оттуда эти значения при клике
var values = [];
$("#workDesign label").on("click", function(){
var input = $(this).children("input");
var tag = $(this).text();
var i = values.indexOf(tag);
if (input.prop("checked")) {
input.parent().addClass("selected");
if (i==-1) values.push(tag);
//alert(tag);
} else {
if (i>-1) values.splice(i, 1);
input.parent().removeClass("selected");
}
$("#workDesignTags").val(values.join(", "));
});
codepen.io/anon/pen/xVpGda
пришлось проверять каждый раз наличие/отсутствие значения в массиве, т.к. почему-то событие при одном клике вызывается два раза.
надеюсь понял правильно