Как таковой разницы между дистрибутивами нет. Это в общем.
Разница в каких-то командах, в разных расположениях конфигурационных и системных файлов, и , как уже заметили выше, в пакетных менеджерах и т.д..
Так же в каких то дистрибутивах нет
SELinux, хотя это редкость да и не всем нужно.
А так, по большому счету, что Вам больше по душе (название, логотип, прошлый опыт) то и используйте:)