Ctrl-O, либо File - Open File. Но я обычно добавляю рабочую директорию в сайдбаре, так значительно удобней. Для этого надо открыть сайдбар (по умолчанию может быть закрыт) "ctrl+\", а далее пкм на сайдбаре - add folder to working project. "ctrl+shift+l", чтобы выбрать подсветку. Советую посмотреть хоткеи в настройках - "ctrl+,", далее - keyboard shortcuts. В атоме есть отличный хоткей резолвер - включается "ctrl + .", на случай если не понятно почему хоткеи не работает. Без хоткеев работу в атоме можно считать бессмысленной))
