Проблема решена
Оказалось, что в ОС компьютера и в софте звуковой карты стояла разная частота дискретизации, из-за чего звук становился результатом смены частоты дискретизации при начале воспроизведения файлов. При установке одной и той же частоты на выводе звука в виндоусе и в софте звуковой карты звук исчез.
