Насколько мне известно, конвертация без потери данных из FAT в NTFS умеет делать только винда. Есть и плюсы — это умеет делать любая винда, начиная с Windows 2000, то есть можно загрузиться с LiveCD Windows XP и провернуть конвертацию. То же самое можно делать не перезагружаясь, запустив загрузку с образа CD в виртуалке