Mojo достаточно прост и имхо вполне подойдет для дипломной работы. Про Catalyst тут уже писали. Mason весьма мощная штука, но для обучения имхо неудобен, ибо поощряет смешивание логики и представления, а до его самых вкусных плюшек вы вряд ли доберетесь сразу. Для обучения, как написал metamorph, хорошо помогает писать велосипеды «по мотивам» лучшего, что вы встретили у других.
ЗЫ если будете выбирать обертку над БД, умоляю, НЕ берите DBIx::SearchBuilder.