Итак, как вы уже выяснили choices не записываются в базу - они хранятся исключительно в коде и используются ORM для валидации данных и формировании списка вариантов в формах, например в Django-админке.
При поставленной задаче на ум приходит следующее:
Использовать choices и хранить список стран в настройках проекта - Django settings, таким образом будет проще пользоваться возможностями Django ORM для валидации данных и представления данных в формах. Стоит учесть, что при добавлении новой страны придется изменять настройки и перезапускать (перевыкатывать) проект.
Затем, написать
датамиграцию, чтобы добавить необходимые вам страны в базу. В такой миграции вы сможете в цикле пройтись по названиям стран из настроек проекта и создать все необходимые объекты, если они еще не созданы.