Разобрался с ситуацией.
Классы описывающие Entity и ValueObject находятся в разных неймспейсах и, соответственно, каталогах. В doctrine.yaml mapping был настроен только на один из этих каталогов. Настроил этот раздел каталога и все заработало
т.е. конфиг стал выглядеть таким образом:
orm:
auto_generate_proxy_classes: true
naming_strategy: doctrine.orm.naming_strategy.underscore_number_aware
auto_mapping: true
mappings:
Api:
is_bundle: false
type: xml
dir: '%kernel.project_dir%/src/Api/Infrastructure/Database/Orm'
prefix: 'App\Api\Domain\Entity'
alias: Api
ValueObject:
is_bundle: false
type: xml
dir: '%kernel.project_dir%/src/Api/Infrastructure/Database/ValueObject'
prefix: 'App\Api\Domain\ValueObject'
alias: ValueObject