RewriteRule /index.php+$ /folder/index.php [L]

Основное мое правило — метод должен как можно меньше распылятся: выполнять явную задачу. При таком подходе кол-во аргументов точно не превысит максимальное по Мартину.

И да, что по поводу массива который сойдет за один аргумент с кучей значений?