Быстрые рекомендации.
Для предотвращения SQL инъекций следует соблюдать два простых правила:
1. Не помещать в БД данные без обработки.
Это можно сделать либо с помощью подготовленных выражений, либо обрабатывая параметры вручную.
Если запрос оставляется вручную, то
- все числовые параметры должны быть приведены к нужному типу
- все остальные параметры должны быть обработаны функцией mysql_real_escape_string() и заключены в кавычки.

2. Не помещать в запрос управляющие структуры и идентификаторы, введенные пользователем.
А заранее прописывать в скрипте список возможных вариантов, и выбирать только из них.

Два важных дополнения:
1. Используя изложенную в этой статье информацию, я написал Класс для безопасной и удобной работы с MySQL, который делает запросы безопасными и сокращает код в несколько раз.
2. Если вы не любите сторонние библиотеки, то пользуйтесь хотя бы PDO. Как работать с PDO? Полное руководство.