Сергей Новиков

Это возможно, частично, с помощью gitmodules. Проблема только в том, что придется делать два репозитория для public/assets и resources/views, либо добавить подмодуль в корень и мучатся с настройкой gitignore (никогда так не делал, не уверен получится ли).

Последние изменения вы можете увидеть по нажатию Ctrl+Shift+E или Alt+Shift+C. Как отметь только измененные файлы не подскажу, но можно выделить цветом определенные файлы, например, так:

Для этого в настройках найдите Scopes и создайте новый с выбранными файлами, после задайте нужному Scope свой цвет:

Что бы весь репозиторий - никак. Но можно показать код отдельного файла (кнопка Embed при просмотре файла), либо привязать bitbucket к своему домену (git.example.com).

Про Netbeans не знаю, а в PhpSrotm можно использовать встроенный Deployment для синхронизации с локальной папкой.