Avgusto

чтобы повторяющиеся значения не выводились, а выводились только уникальные

php.net/manual/ru/function.array-unique.php

Подвох в задаче - изменение структуры списка?

chosen или select2

Я нашел много плагинов, но они все создают одноуровневые списки

select2 и chosen нормально работают с optgroup, на демо-страницах это есть - как-раз ГЕО-списки