Все просто. Сначала посчитайте количество стоп-слов, а уж затем посылайте одно сообщение по всем стоп-словам.
Как-то так (не отлажено)
wipe_triger = ['вайп']
@bot.event
async def on_message(message):
if message.author == bot.user: return
if int(message.channel.id) != 000000000000000: return
stop_words = 0
for word in message.content.split():
if word.lower() in wipe_triger: # вместо цикла - IF
# if content.lower() == wipe_messages: # нафиг не нужно
stop_words += 1 # считаем стоп-слова
if stop_words > 0: # если пользователь флудит
await message.channel.send(f'{message.author.mention} - текст!') # посытаем ему 'одно' сообщение
