А нефиг медиазапросы писать в отдельных файлах. Сто раз уже везде писалось.
Есть у вас файл со стилем для одного блока, вот в нем и пишите всё, что касается этого блока, в том числе, медиазапросы.
Кроме того, в css часто важен порядок стилей, и не только медиазапросов. Поэтому порядок лучше строго регламентировать. В галп подключать один файл - точку входа, например styles.scss. А уже в этом файле, в нужном порядке импортировать остальные файлы.
Второй вариант — немного стрёмный, но рабочий — именовать файлы так, чтобы они при алфавитной сортировке располагались в том порядке, который вам нужен.
Ну или заюзайте combine-mq. Он вам отсортирует все медиа и закинет их в конец файла.
