Обратите внимание на блок #main после применения скрипта, для него применяются стили:
.scroll-container, .scroll-container section, body, html {
width: 100%;
height: 100%;
}
Собственно, эти проценты берутся от родителя, если родителем выступает body, то все ок, т.к. для него применяются те же самые стили, в вашем же случае родителем выступает дополнительный блок, который этих стилей не имеет и по умолчанию не растягивается. Чтоб это исправить, достаточно прописать эти стили для этого блока
так