Что бы одновременно использовать один порт в нескольких приложениях я ставил gpsgate.
Посмотри библиотеки gpsserial и еще 2. Какие то из них работали на windows mobile, а какие то на wince.
Я так понял, что если у меня один жесткий диск и на нем 2 операционные системы, то настраивается по главе 9.7.1.2 Access to individual physical hard disk partitions, но какой ключ использовать -partitions?