Не совсем понял суть вопроса.
Если работа с данными в вашем проекте вынесена в отдельную библиотеку и MVC-приложение использует эту библиотеку, ничто не мешает рядом с MVC сделать еще одно приложение (console или service), которое будет работать независимо, используя те же библиотеки. Консольное приложение можно запускать через scheduler ОС, если сервис — тут вы сами решаете, когда и что нужно делать.
Если код работы с базой (контексты, модели, да хоть бы ADO.NET) у вас в MVC, то стоит сделать рефакторинг.
Для коммуникации между приложениями MVC и не-MVC можно сделать специальный endpoint (в случае console -> MVC), или event queue (для console <-> MVC), но это при необходимости.
