ArtemE

Если использовать ORM, то ответ очевиден. Вы будете использовать встроенные в них средства, а также бороться с их ограничениями.

В принципе же, ответ таков: выделять классический DAL — Data Access Layer. Для этого существует много стандартных паттернов. Например:

• Data Mapper (+Repository)
• Active Record
• А то и Query Object

Самое простое — Data Mapper. Создаёте интерфейс для вашей сущности:

interface ICarData
{
  void Insert(Car car);
  Car GetById(int id);
  // и т.д.
}

Затем наследуете от этого интерфейса классы, его реализующие — e.g. MySqlCarData, MongDbCarData.
Отдельная задача здесь — определение, какой класс использовать. Самый простой способ — задавать имя класса через конфигурационный файл и создавать объект нужного класса простой фабрикой (switch(className) {… } ). Более красиво — использовать IoC/DI контейнер.

Для Entity Framework эта ситуация — штатная, разве что визуальный редактор ее не поддерживает. Создаем одну концептуальную модель, создаем по модели хранения на каждую БД, и для каждой БД создаем свое отображение модели хранения на концептуальную.

Да можно смотреть в сторону градиентов и transform