Каждый набор тестов в QTest обычно создается как отдельный подпроект (приложение). Соответственно, и запускаются тесты как отдельное приложения. Выбор текущего активного проекта для запуска в QtCreator осуществляется через панель "проекты" слева, или по "ctrl + T", это относится и к тестам. В принципе, тесты можно сосредоточить и в одном проекте, но это крайне неудобно как раз из-за проблемы, с которой вы столкнулись. Для такой конфигурации лучше подходит
Catch. QtCreator вроде бы умеет запускать все тесты одновременно, но я этим не пользовался.