Вероятно, включился режим загрузки EFI, когда загрузчики должны не просто быть на диске, а регистрировать себя в BIOS.
При этом в списке загрузки кроме дисков появляется такая зверюшка, например, как Windows Boot Manager, неизвестно на каком диске записанная, которая уже сама дальше будет диски обнюхивать.
На сломавшемся нынче гигабайтовском микро-ПК похожее было каждый раз после сброса настроек (перенесли ПК по морозу в другой дом), нужно было в настройках загрузки включить EFI, перезагрузиться, и потом в меню найти Windows Boot - иначе не загружалось
