Neverlok, ощущение что или опечатка или ниже кто-то перезаписывает. в auto_prepend_file ничего не указано? и вы проверяете через браузер или командную строку? сейчас вы правите конфиг для апача, соответственно видно только через браузер. Можно посмотреть весь phpinfo() и php.ini?