Непонятно расстояние между серверами. Если сервера на разных континентах, то можно воспользоваться чем-то типа UFTP (FTP поверх UDP), т.к. при больших задержках TCP не эффективен.
Если рядом, то самое простое FTP или rsync.
rsync удобен тем, что исправит ошибки в уже скачанных файлах, если они оказались битыми по какой-то причине. Если сервера в одной сети - лучше запустить rsync демон, т.к. в режиме SSH возрастет нагрузка на процессор из за шифрования трафика.
FTP в локальной сети - один из самых быстрых подручных протоколов. Но не уверен, что консольные клиенты FTP будут работать с докачкой и в пакетном режиме. Хотя можно попробовать Midnight Commander - он поддерживает FTP, но не уверен, что даст максимальную скорость.
Ну и конечно запускать копирование надо внутри сессии screen или tmux, чтобы при отключении терминала копирование не прервалось.