AntonDrelin

Иногда есть необходимость работать с чем то обобщенным, абстрагироваться от конкретного типа. Например при сериализации в json для отправки данных клиенту, как то так

public string ResponseData(object value)
{
	retrun JsonConvert.Serialaze(value);
}

Теперь мы может одним методом отправить хоть объект, хоть значимый тип. Если бы не было упаковки, пришлось бы писать кучу перегрузок для метода.

По первому вопросу: https://phinx.org/

По второму вопросу: если это критически необходимо - дробить проект (и код соответственно) на подпроекты.
Отдельно админка, отдельно сайт, отдельно какое нибудь внутренее апи с математикой итд.

Судя по тому, что ошибка возникает периодически, и решается перезагрузкой mysql, скорее всего mysql у вас вылетает по памяти. Попробуйте увеличить оперативку, ну и да, смотрите логи.