Думаю, архитектура проекта и структура папок это все же разные вещи :)
Советую использовать фреймворк - он так и понимается обычно, как каркас/скелет/структура + не нужно писать множество велосипедов. Если вы хотите самопис для практики, то посмотреть как устроены топовые фреймворки хороший вариант.
