Следите за логикой...
Вопрос: Как пробрасывать VLANы через интернет?

Условия задачи:
1) VLANы работают на 2м уровне модели OSI, следовательно для них нужен любой транспорт, который поддерживает второй уровень.
2) Бриджи эмулируют второй уровень с помощью ядра Линукса, следовательно к ним можно подсоединить любые тунели, которые работают или эмулируют второй уровень.
3) VLANы возможно присоединить к бриджу, т.к. оба работают на втором уровне.

Вывод: Нужно найти такой вид тунеля, который можно присоединить к бриджу, и который может пробросить VLAN, этот тунель должен работать на втором уровне модели OSI, либо его эмулировать.

Ответ: Из всех тунелей, которые есть в Микротике, под эти условия подходит как инимум 2 вида тонелей:
1 - MPLS, habrahabr.ru/post/169103
2 - EoIP, nixman.info/?p=1347
EoIP - легко настраивать, легко работать с VLANами, работает достаточно стабильно, если понимать что делаешь.
MPLS - без серьёзной теоретической подготовки, и испытаниях на кошках не пробуйте даже.

При использовании любого тунеля 2го уровня, у Вас возрастёт количество трафика на 10-20%. Появятся другие проблемы, типа колец, связности сетей и прочего.

Если Вам действительно требуется проброс VLANов, тогда перечисленное мною - это единственное решение. Если требуется просто более управляемая и надёжная сеть, есть масса других, более надёжных способов. Могу помочь в этом в свободное время на бескорыстной основе.