В программе нет такой функции. Но можно создать в системе второй профиль для этой программы:
1 В меню нажмите "Help" - "About", посмотрите на параметр 'Usedir".
2 Создайте другую пользовательскую папку. Например: "Netbeans2" в папке Roaming
3 Создайте копию ярлыка Netbeans и откройте его свойства
4 В поле объект добавьте текст --userdir "путь к новой папке". Оно будет выглядит типа --userdir C:\Users\ansan\AppData\Roaming\NetBeans2
5 Запускайте Netbeans по новому ярлыку и открывайте второй проект