Я бы такой проект для самого себя начал со статичной странички с канвасом, на котором каждый пиксель — единица координат (вид сверху). На JavaScipt можно написать класс для деревьев, с примерно таким набором функций: растёт, в зависимости от времени года (суток) размножается (разбрасывает семена).
В этом случае получим бесконечно размножающаяся систему, в которой необходимо создать ограничивающий фактор: долголетие и возобновляемый ресурс (вода) и пространство для роста (солнечного света низким деревьям не хватает). Уже этих трёх факторов влияния хватит, чтобы посмотреть как работает экосистема, подобрать константы (а лучше диапазоны рандомных переменных), в которых система живёт.
Таким образом появится некий естественный отбор, в рамках которого можно будет видеть явное преобладание больших над маленькими и так далее..
Писать сразу большой проект, в котором попробовать учесть всё что только можно — нереально, т.к. часто вашу задумку придётся обходить хардкодом и хаками.